生物信息学课程设计实验报告材料—典型地生物信息学分析报告
时间：2020-09-27 08:43:41 来源：工作范文网 本文已影响 人 
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找出FASTA格式的基因序列，复制下来，保存在文本文档中
水稻瘤矮病
发生与危害 水稻瘤矮病于1976年在广东湛江地区发现，局部县市危害严重，近年 在两广陆续有此病危害的报告，且有逐年加重的趋势，我国广东茂名地区曾大面积发生 危害，近年在福建福州以南的一些县零星发生。
症状识别水稻瘤矮病是由电光叶蝉、黑尾叶蝉和二点黑尾叶蝉传播的一种病毒病。
病苗明显矮缩，叶色深绿，叶背和叶鞘长有淡黄绿色近球形小瘤状突起，有时沿叶脉连 成长 条，叶尖卷转，个别新叶的一边叶缘灰白坏死，形成 2-3个缺刻。病株根细弱，抽
穗迟、细小、空粒多。
水稻瘤矮病感病植株
病原及发病条件 为水稻瘤矮病毒[Rice gall dwarf Virus (RGDV)] 。病毒粒体球状, 直径65nm，由单一粒体组分和十二个片段的双链 RNA组成。此病可由电光叶蝉、二条
黑尾叶蝉；二点黑尾叶蝉、黑尾叶蝉和 马来亚黑尾叶蝉以持久性方式传播，也能通过二
条黑尾叶蝉的卵传给下一代。国内以电光叶蝉和二点黑尾叶蝉为有效介体。二点黑尾叶 蝉亦可经卵传播。
防治方法：
治虫防病，力争将传毒媒介昆虫电光叶蝉、二条黑尾叶蝉；二点黑尾叶蝉、黑尾
叶蝉和马来亚黑尾叶蝉消灭在传毒前。杀虫药剂可用 25%喹硫磷或40%乐果1000-1500
倍稀释液，或菊酯类农药5000倍稀释液喷雾。
2） 及早毁除病株，或踩入泥土，或集中烧毁，以防止蔓延。
3） 如插后不久发病，还可立即补苗。
4） 稻株大胎期用“九二0”纯品50000倍稀释液喷雾，使病株提早抽穗，可减轻为害。
5） 每亩用10%叶蝉散可湿性粉剂200克；或每亩用25%速灭威可湿性粉剂150克；每
亩用50%杀螟松乳油+ 40%稻温净乳油各50毫升均加水50千克喷雾
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搜索对应的蛋白质序列
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Proparam软件分析蛋白质理化性质
从分析结果可知：RGDV p8各个氨基酸所占的比重，如上图。分子质量为 47422da，氨基
酸数目为426，正负电荷残基总数30/30，分子式为C2126 H 3316 O623 Si5 ，在M-1 cm-1
单位在280海里的水里测量的消光系数为 48610和48360，脂肪指数为92.68，组氨酸His (H)
最少为 0.5%，丝氨酸含量最多 Ser (S) 9.9%
疏水性分析:
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氨基酸的疏水性=各种氨基酸的疏水性一甘氨酸的疏水性
在保持蛋白质三级结构的疏水性氨基酸在蛋白质的内部， 由于其疏水性的像相互作用,
在保持蛋白质三级结构的
形成和稳定中起着重要的作用。
ProtScale Tool
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Author's}: Kyte J., Doolittle R F
Reference： J. Moi Biol. 157:105-132^1982J
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疏水性分析结果
由图可知在P8蛋白C端位置有一个典型的疏水区域。
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Bioedit 分析结果
跨膜区域分析
膜蛋白是一类结构独特的蛋白质， 执行着重要的细胞生物学功能。
蛋白质序列含有跨膜
区，提示他可能作为膜受体起作用， 也可能定位在膜上的锚定蛋白或离子通道蛋白。 对膜蛋
白的跨膜螺旋进行预测是生物信息学的重要应用。
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Exp fxxst; 6G A&a：
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对RGDV P8蛋白使用TMHMM 的跨膜区域分析结果 1
信号肽预测
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从分析结果可以看出，剪切位点分值 24，信号肽分值为3，综合剪切位点的分值 4
Coil区分析
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# FoCt SEmpl-t ：ETi31
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卷曲螺旋主要是控制蛋白质寡聚化的元件，含有卷曲结构的蛋白质主要是一些转录因子
通过分析发现，在 P8蛋白在三种不同的窗口下尽然没有非常高的置信值，说明没有卷曲重
复序列和七肽重复区。
亚细胞定位
TargetP 1J Server ■ prediction results
Technical University of Denmark
昇* targetp vl.l predicrtion results世￥理昇討理科卄卄删艸理理理强#理非#
Nioimber of t^ery 占皀quencea: 1
亡丄芒包寸色 site predictions not included.
Using PIj?kN^ networks.
Name
hen
eTP
m7P
SP
o thtr Loc RC
Sequence
42C
0.17B
O-OfiG
0,148
0t6€0 _ 3
cutoff
0.000
0.000
0.30D
0.000
1、 通过分析可知最终预测的叶绿体转运肽，线粒体导肽，信号肽的其他类型的分值分别为
0.178、0.066，0.148,0.660。信号的定位可能是他们中的最高值。
2、 “ Loc ”表示上面分值所预测的可能定位， C表示定位于叶绿体， 可能是cTP;M表示定位
于线粒体，可能是 mTP； S表示分泌通路，即分泌到细胞周质，可能是 SP;—表示除前面
三处外的其他位置。
3、 “ RC”是可靠性级别，分为五级。表示输出结果最高值与次高值之间的差异大小 ，具体五
级 女口 下 ： 1. Diff>0.800;2.
0.800>diff>0.600;3.0.600>diff>0.400;4.0.400>diff>0.200;0.200>diff.
4、 TPIen的预测剪切位点的序列长度。
有结果可知目的蛋白 P8的分泌途径为_型，定位在其他细胞器，预测剪切位点序列为 0
个氨基酸。
结构域的分析及motif的搜索
常见的结构域的 5种类型：全平行结构域、反平型结构域、a + B结构域、a/B结构域及 其他结构域类型。
结构域是蛋白质的功能结构和进化单元， 结构功能域分析对于蛋白质的结构的分类和预测由
重要的作用。
Domains within Rice gall dwarf virus p
Outer capsid protein P8
1 申
:h4:re<_F?
Mouse over domain； undefined region for rrore info; click or
Transm已rnTran吕 segments as predicted by the proc
by the SignafPprogram (■).
Protein rnformation Domain architecture anatyE
Display ortnclooy ana other data Display all proteirs with sim
Confidenily predicted domains repeals, motifsdnd featif&s:
Name
Begin
End
E-value
PfarriFhytcreo_P8
1
426
7 306-236
mher because tneir scores are less 引 gnificanrthanthe required threshold, or I
Name
Begin
End
E-value
Reason
low complexity
2&7
27S
overlap
transmembrane 406 425 * overtap
RtinBLAST with part of submitted sequence：
Start.匚|End: |莎j| mjst叙恤芒讪-弘野豚
结果解读:
综合上诉结果可知， RGDV p8蛋白的第1~426 位之间是个高度保守的结构功能域一-
Phytoerto_P8 ，即Phytoerto_P8 家族成员共有的典型结构域，该结构功能域由多个植物
呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白 P8序列组成，具有结构分子活性。
Motif 搜索
匸rSRQLGVnULYUIPFSTmENIF?Sag￡MJVVGJR 起 RSJLETPL 丁 QMQNVmVgEEZJKUFG TKCLNDI7T 3NFQI SVr : WT2 ZLIT^QAR IY FTNC FLCC71朝7阿翻嵐 Lrt)rVAT 177 F TENN? F I'.TDSD； T! 3L3 LS(?务二肛T：閨:UJ G YA： A：EG5FNK^tJA^ E 5Y" TLS SLT：qT 371 ： DF SIS AFLE ?EH IftLKASJazK： rSQSMNTLTE NL1RQYN 时㈣ Xl Ai'VS L M Y ^FSt rABT 1 LT FN ^RL l?FA5R^ir 偽匚忙监F i AVGm兰:也
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hits by patterns: [1 hit (by 1 pattern) on 1 sequence]
HtebyUSERPATI：
Pattern [RK]-X|2r3)*[DE]-X|2h3)^
Approximate iyii)ei of abated random matches |Ref PM in * lOOVOO sequences (SQDOO'OOO residues): 730-W
(JSFRSEQ1 j (426 aa)
142-148： Kay-Dip.Y
Legend:
disiiihde bridge active site otfie< mnges otfwsi4e$
蛋白质二级结构预测
预测结果如下：
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCEEEEEHCCHHHHHHHHHHHEEHCCCECCC
CCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHEECCCCCCCC
HHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCCC
HHHHHHCCCCCHHHHCCCEEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEECCCCHHEEEECCEEEEE
ECCCCCEEEEEEEEEEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEECCCCEEEE
EECCEEEEECCCCCEEEEEEEEECCCECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH
HHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHH
HHHHHHHHHHHCCEECCC
其中C表示coil无规则卷曲，H表示heilx （a-螺旋），E表示extended （3—折叠）
蛋白质三级结构预测
同源建模
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三级结构预结果
对三级结构的全局模式质量分析和局部模式质量分析，分析的结果